Genet për qëndresën ndaj covid-19: identifikimi i markuesve të ADN-së që korrespondojnë me rezistencën dhe ndjeshmërinë ndaj koronavirusit.
Koronavirüsler (CoV'ler) (sıra Nidovirales, aile Coronaviridae, alt aile Coronavirinae), birçok omurgalı türünde solunum yolu hastalığı salgınlarına neden olmaktadır. Bunlar, farklı hayvan türlerinde izole edilebilen, tek iplikli RNA zarfı olan virüslerin (+ssRNA) büyük bir ailesidir. Genom boyutları 26 ile 32 kilobaz (kb) arasında değişmekte olup, RNA virüsleri için en büyük genomlara sahiptir (bu da maske kullanımının etkinliğini artırmaktadır). COVID-19, şiddetli akut solunum sendromu koronavirüsü 2 (SARS-CoV-2) olarak da bilinir veya "2019'un yeni koronavirüsü" olarak adlandırılır; bu yeni bir virüstür ve insanlarda direnç ve hassasiyeti anlamaya yeni başlıyoruz.
COVID-19 er lik alvorlig akutt respiratorisk syndrom (SARS) på den måten at begge virusene infiserer sine menneskelige verter via den samme reseptoren, angiotensin-konverterende enzym 2 (ACE2-reseptoren), og forårsaker lignende kliniske og patologiske trekk. Interessant nok er spike-proteinet, som er ansvarlig for reseptorbinding, svært likt mellom 2019-nCoV og SARS-CoV; dette er et resultat av betydelig seleksjon for den samme reseptoren (Wu., 2020). Forskning på hvordan kroppene våre forsvarer seg mot SARS kan avsløre hvordan kroppene våre kan forsvare seg mot COVID-19.
Flere nylige Genome Wide Association Studies (GWAS) har gitt en mye dypere innsikt i de genetiske variasjonene som kan bidra til å forklare hvorfor noen individer er praktisk talt upåvirket av COVID-19, mens viruset for andre er livstruende eller til og med dødelig.
In diesem Beitrag bieten wir eine Übersicht über die begutachtete Literatur und präsentieren Informationen über Kandidatengene für die Resistenz gegen SARS-CoV. Wenn Sie einen DNA-Test zu Hause gemacht haben, wie die von 23andMe, Ancestry DNA oder Dante Labs, können Sie Ihre Roh-DNA-Daten auswerten und sehen, wie Ihre DNA-Sequenz mit den Forschungsergebnissen übereinstimmt.
Hvernig á að greina DNA þitt fyrir mótefnavirka eða næmni fyrir koronaveiru?
Step 1) Hlaðaðu niður hráa autosomal DNA skrá þína og vistaðu hana á öruggan og tryggan stað
Til að greina DNA gögnin þín skaltu byrja á því að hlaða niður hráu autosomal DNA-inu þínu og vista það á öruggan stað. Hér eru leiðbeiningar um hvernig á að hlaða niður hráu DNA skránni þinni frá: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.
Skref 2) Greina hráa DNA skrána þína.
Leitaðu að hráu DNA gögnum þínum með textaritli eins og "Text Wrangler" eða "Notepad" með því að nota "finna" aðgerðina, eða með skipanalínu.
Opnaðu hráa DNA skrána þína og þú munt taka eftir fyrirsagnunum um einstaka SNP ID (rs# eða i#), litning, stöðu og genotypu. Formatin eru aðeins mismunandi milli hverrar DNA prófunarfyrirtækis sem beint er til neytenda.
Til að meta áhættuna þína á lélegri bata eftir COVID-19, skoðaðu þessa DNA merki sem lýst er hér að neðan:
Fjölmargar rannsóknir á genamyndun (GWAS) hafa nýlega verið gefnar út sem lýsa staðsetningum tengdum öndunarbilun hjá sjúklingum sem smituðust af SARS-CoV-2, og þrjár rannsóknir hafa greint SNP merki í sama ~50 kb genasvæði sem erfist frá Neandertölum.
(Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). In addition, these GWAS studies also identified a number of other DNA markers that are associated with COVID-19, and each of these is presented in the table below.Además, otros marcadores de ADN cubiertos en este post incluyen rs4804803, que se asoció con el SARS, y aquellos posicionados en el receptor de la enzima convertidora de angiotensina-2 (ACE2), que se ha demostrado que es el mismo receptor para el coronavirus respiratorio humano NL63, el coronavirus SARS (SARS-CoV) y el nuevo coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Dado que la proteína de espiga del coronavirus ha evolucionado para coincidir con el receptor ACE2, es probable que los individuos con variaciones que alteren la secuencia de la proteína presenten un grado de resistencia al covid-19. A continuación se presentan SNPs no sinónimos del transcrito ACE2 NM_021804.2, y de particular interés son los SNPs que causan cambios importantes, como rs199951323, que resulta en un codón de parada prematuro.
| 'Gen' | dbsnp | Kynfruma (GRCh37). | POS | REF | ALT | 'Hættualellur' | 'Merkieinkunn' | Viðmiðun |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| IVNS1ABP | rs6668622 | 1 | 185414582 | T | C | Viðkvæmur breytileiki T:T og T:C hjá körlum.s | 'hlutfall líkur 1.44' | Roberts., 2020; |
| SRRM1 | rs111972040 | 1 | 24999361 | A | G | áhættu genótýpur G:G og A:G, 3_prime_UTR_variant | 'Oddsratio fyrir sjúkrahúslöggang = 8,29' | |
| LZTFL1 | rs35044562 | 3 | 45909024 | A | G | áhættu genótýpur G:G og A:G, innraón breyting, genísk upphafsritunarbreyting | odds ratio 1.60 | Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo |
| LZTFL1 | rs11385942 | 3 | 45876460 | A | - or A or AAA | InDel, A:A and A:- Hafa hærri viðkvæmni fyrir öndunarbilun, innron breyting. | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| LZTFL1 | rs10490770 *LD with rs11385942 | 3 | 45864732 | T | C | 'hættu genótyper T:C og C:C, inntron_breyting' | 'Oddsratio fyrir einstaklinga með einn mismunandi gena 1,7' | Zeberg and Pääbo., 2020; |
| LZTFL1 | rs67959919 *LD with rs11385942 | 3 | 45871908 | G | A | 'áhættu genótýpur G:A og A:A, inntron breyting' | 'Oddsratio fyrir einstaklinga með einn mismunandi gena 1,7' | |
| LZTFL1 | rs35624553 *LD with rs11385942 | 3 | 45867440 | A | G | 'áhættu genótýpur G:A og G:G, innra hlutbreyting' | 'Oddsratio fyrir einstaklinga með einn mismunandi gena 1,7' | |
| LZTFL1 | rs71325088 *LD with rs11385942 | 3 | 45862952 | T | C | 'áhættu genótýpur C:T og C:C, innron breyting' | 'Oddsratio fyrir einstaklinga með einn mismunandi gena 1,7' | |
| ABO | rs657152 | 9 | 136139265 | A | C or T | Áhættu gen, inntron breyting | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| Intergenic | rs5798227 | 12 | 53120100 | C | - | Hættu alell er eyðingin. | p = 2.2x10-7 | Blokland et al., 2020; |
| IGHV3-7 | rs11844522 | 14 | 106522576 | C | T | Viðkvæmar breytingar T:T, C:T. | p=1.9x10-7 | |
| Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) | rs73166864 | 22 | 23340580 | T | C or G | Viðkvæmar breytingar T:T og T:C. | odds ratio 1.7 | Roberts., 2020; |
| TLR7 | rs200553089 | ChrX | 12906010 | G | T | 'áhættu genótýpur T:G og T:T, missense_variant' | Made et al., 2020; | |
| 'Samheiti SNPs staðsett í ACE2' | ||||||||
| ACE2 | rs373153165 | chrX | 15580093 | C | T or A | 'villubreytingarbreyting' | p.Asp785Asn/c.2353G>A | Cao et al., 2020 |
| ACE2 | rs140016715 | chrX | 15582154 | G | A | 'villubreytingarbreyting' | p.Arg768Trp/c.2302C>T | |
| ACE2 | rs147311723 | chrX | 15582265 | G | A | 'villubreytingarbreyting' | p.Leu731Phe/c.2191C>T | |
| ACE2 | rs41303171 | chrX | 15582298 | T | C | 'villubreytingarbreyting' | p.Asn720Asp/c.2158A>G | |
| ACE2 | rs370187012 | chrX | 15582327 | C | T | 'villubreytingarbreyting' | p.Arg710His/c.2129G>A | |
| ACE2 | rs776995986 | chrX | 15582334 | G | A | 'villubreytingarbreyting' | p.Arg708Trp/c.2122C>T | |
| ACE2 | rs149039346 | chrX | 15584416 | A | G | 'villubreytingarbreyting' | p.Ser692Pro/c.2074T>C | |
| ACE2 | rs200180615 | chrX | 15584488 | C | T | 'villubreytingarbreyting' | p.Glu668Lys/c.2002G>A | |
| ACE2 | * |
chrX | 15585879 | A | C | stop_gained | p.Leu656*/c.1967T>G | |
| ACE2 | rs183135788 | chrX | 15585933 | T | C | 'villubreytingarbreyting' | p.Asn638Ser/c.1913A>G | |
| ACE2 | rs748163894 | chrX | 15588434 | G | A | 'villubreytingarbreyting' | ||
| ACE2 | rs202137736 | chrX | 15591485 | T | C | 'klippiregiónarbrenglun+intronbrenglun' | c.1541+5A>G | |
| ACE2 | rs140473595 | chrX | 15591530 | C | T | 'villubreytingarbreyting' | p.Ala501Thr/c.1501G>A | |
| ACE2 | rs191860450 | chrX | 15593829 | T | C | 'villubreytingarbreyting' | p.Ile468Val/c.1402A>G | |
| ACE2 | rs758142853 | chrX | 15609868 | A | G | 'villubreytingarbreyting' | p.Val184Ala/c.551T>C | |
| ACE2 | rs754511501 | chrX | 15609902 | C | T | 'villubreytingarbreyting' | p.Gly173Ser/c.517G>A | |
| ACE2 | rs746034076 | chrX | 15609943 | T | C | 'villubreytingarbreyting' | p.Asn159Ser/c.476A>G | |
| ACE2 | rs373252182 | chrX | 15609973 | T | C | 'villubreytingarbreyting' | p.Asn149Ser/c.446A>G | |
| ACE2 | rs2285666 | chrX | 15610348 | C | T | 'klippiregiónarbrenglun+intronbrenglun' | c.439+4G>A | |
| ACE2 | rs768736934 | chrX | 15612963 | C | T | 'klippiregiónarbrenglun+intronbrenglun' | c.345+5G>A | |
| ACE2 | rs4646116 | chrX | 15618958 | T | C | 'villubreytingarbreyting' | p.Lys26Arg/c.77A>G | |
| ACE2 | rs73635825 | chrX | 15618980 | A | G | 'villubreytingarbreyting' | p.Ser19Pro/c.55T>C | |
| 'SNPs tengd SARS' | ||||||||
| CD209 | rs4804803 | 19 | 7812733 | A | G | Viðkvæmt genatýpa A:A, uppgangur_transcript_variant. | NC_000019.10:7747846 | Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010 |