גנים לעמידות מול קוביד-19: זיהוי סמני דנא התואמים לעמידות ולחולשה נגד הנגיף הקורונה
קורונהווירוסים (CoVs) (סדרה Nidovirales, משפחה Coronaviridae,
תת משפחה
Coronavirinae) אחראים למגיפות מחלות נשימה במגוון מיני ורטברטים.
הם משפחה גדולה של וירוסים מעוטרים חד חוטי RNA (+ssRNA) שניתן לבדוק במגוון מיני חיות.
גודל הגנום שלהם נע בין 26 ל-32 קילובייטים (kb), והם הגנומים הגדולים ביותר לוירוסי RNA (מה שמגביר את היעילות של מסכות הפנים).
COVID-19, הידוע גם כנגיף הנשימה החריגה החדשה 2019 (SARS-CoV-2), או "קורונהווירוס חדש 2019" הוא נגיף חדש
ואנחנו רק מתחילים להבין עמידות וסופחנות בבני אדם.
קורונה-19 דומה לתסמונת הנשימה חריפה וקשה (SARS) בכך ששני הווירוסים מדבקים את המארחים האנושיים שלהם דרך אותו מקלט, חומר הנמצא בתא האנגיוטנזין-ממיר 2 (ACE2), וגורמים לתכונות קליניות ופתולוגיות דומות. מעניין לציין שחלבון הפרצוף האחראי לקישור למקלט הוא דומה מאוד בין 2019-nCoV ל-SARS-CoV, וזהו תוצאה של בחירה משמעותית עבור אותו מקלט (Wu., 2020). מחקרים על איך הגופים שלנו מגן על עצמם מפני SARS עשויים לחשוף איך הגופים שלנו יכולים להגן על עצמם מפני קורונה-19.
מספר מחקרים גנום-רחבים אחרונים (GWAS) סיפקו תובנות עמוקות יותר בנוגע לטפסי הגנטיים שיכולים להסביר למה חלק מהאנשים אינם מושפעים מקורונה-19 כמעט בכלל, ולמה הווירוס הוא מסכן או אפילו קטלני עבור אחרים.
בפוסט זה, אנו מספקים ביקורת על ספרות העת המאומתת ומציגים מידע על גנים מועמדים לעמידה בפני SARS-CoV. אם עשית ניסוי דנ"א בבית כמו הניסויים הזמינים מ-23andMe, Ancestry DNA, Dante labs, תוכל לבדוק את הנתונים הגנטיים הגולמיים שלך ולראות כיצד הם נמצאים בהשוואה לממצאי המחקר.
כיצד לנתח את ה-DNA שלך כדי לקבוע עמידות או רגישות לנגיף הקורונה?
שלב 1) הורד את קובץ ה-DNA האוטוזומלי הגולמי שלך ושמור אותו במקום בטוח ומאובטח.
כדי לנתח את הנתונים של ה-DNA שלך, התחל בהורדת ה-DNA האוטוזומלי הגולמי ושמור אותו במקום בטוח. להלן הוראות להורדת קובץ ה-DNA הגולמי מ: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.
שלב 2) נתח את קובץ ה-DNA הגולמי שלך
חפש את נתוני ה-DNA הגולמי שלך באמצעות עורך טקסט כגון "Text Wrangler" או "Notepad" באמצעות פונקציית "חיפוש" או באמצעות שורת פקודה.
פתח את קובץ ה-DNA הגולמי שלך ותראה את הכותרות הייחודיות של מזהה SNP (rs# או i#), כרומוזום, מיקום וגנוטיפ. הפורמטים שונים מעט בין כל חברת בדיקת DNA לצרכן ישירה.
כדי להעריך את הסיכון שלך להחלמה גרועה מ-COVID-19, חפש את המסמכים הבאים בקובץ ה-DNA שלך:
כמה מחקרי GWAS פורסמו לאחרונה שתארו את המיקומים הגנומיים המשויכים לכשלי נשימה במטופלים המדבקים ב-SARS-CoV-2 ושלושה מחקרים זיהו מסמכי SNP בקטע גנומי של כ-50 ק"ב שניתן להוריש מנאנדרטלים. (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). בנוסף, נמצאו גם מחקרי GWAS שזיהו מספר סמני DNA נוספים הקשורים ל-COVID-19, וכל אחד מהם מוצג בטבלה למטה.
בנוסף, סמני דנא נוספים שכוללים בפוסט זה כוללים את rs4804803 שהוא מקושר ל-SARS, ואת אלה שנמצאים במתקן האנגיוטנזין-ממיר-2 (ACE2) שהוכח כמתקן לנגיף הנשימה האנושי NL63, נגיף ה-SARS (SARS-CoV) ונגיף הקורונה החדש 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). מאחר שחלבון הפיקה של הקורונה התפתח כדי להתאים למתקן ACE2, סביר להניח שאנשים עם שינויים שמשנים את רצף החלבון יכולים להיות עמידים יותר לקורונה. להלן סמני SNPs שאינם סינונימיים מתוך הטרנסקריפט ACE2 NM_021804.2 ומתוך הסמנים המעניינים במיוחד הם SNPs שגורמים לשינויים גדולים כמו rs199951323 שמגריל קודון עציר מוקדם.
| ג'ין | dbsnp | כרומוזום (GRCh37) | POS | REF | ALT | אללים סיכון | אפקט מרקר האפקט מרקר הוא טכניקה בפוסט פרודקשן שמשמשת ליצירת תנועה והדגשת חלקי תמונה מסוימים. האפקט משתמש במרקרים וכלי כתיבה כדי ליצור תנועה וכתיבה על התמונה, וליצור תחושת תנועה ודינמיות. האפקט מרקר נמצא בשימוש רב בסרטים, תוכניות טלוויזיה ופרסומות ומשמש ליצירת תנועה והדגשת חלקי תמונה מסוימים. הוא נוצר באמצעות תוכנות עריכה ואפקטים ומשתמש בטכניקות כמו תנועה עצמית, תנועת מצלמה וכתיבה על התמונה. האפקט מרקר נותן לצופה תחושת תנועה ודינמיות ומשמש ליצירת תחושת תנועה ופעילות בתמונה. הוא נותן לצופה חוויה חזותית מעניינת ומרתקת ומשמש ככלי יצירתי ויצירתי בעולם הפוסט פרודקשן. | הפניה |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| IVNS1ABP | rs6668622 | 1 | 185414582 | T | C | גרסה רגישה T:T ו-T:C בגבריםs | יחס הסיכויים 1.44 | Roberts., 2020; |
| SRRM1 | rs111972040 | 1 | 24999361 | A | G | גנוטיפים סיכוניים G:G ו-A:G, טיפוס 3' UTR | יחס הסיכויים להתכנסות לבית חולים הוא 8.29 | |
| LZTFL1 | rs35044562 | 3 | 45909024 | A | G | גנוטיפים סיכון G:G ו-A:G, משתנה אינטרון, משתנה גני עליון של הטרנסקריפט | odds ratio 1.60 | Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo |
| LZTFL1 | rs11385942 | 3 | 45876460 | A | - or A or AAA | InDel, A:A and A:- יש להם תכונת רגישות גבוהה לכשלי נשימה, וריאנט אינטרון. | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| LZTFL1 | rs10490770 *LD with rs11385942 | 3 | 45864732 | T | C | גנוטיפים סיכון T:C ו-C:C, משתנה אינטרון | יחס הסיכויים עבור נושאים הטרוזיגוטיים 1.7 | Zeberg and Pääbo., 2020; |
| LZTFL1 | rs67959919 *LD with rs11385942 | 3 | 45871908 | G | A | גנוטיפים סיכון G:A ו-A:A, משתנה אינטרון | יחס הסיכויים עבור נושאים הטרוזיגוטיים 1.7 | |
| LZTFL1 | rs35624553 *LD with rs11385942 | 3 | 45867440 | A | G | גנוטיפים סיכון G:A ו-G:G, משתנה אינטרון | יחס הסיכויים עבור נושאים הטרוזיגוטיים 1.7 | |
| LZTFL1 | rs71325088 *LD with rs11385942 | 3 | 45862952 | T | C | גנוטיפים סיכון C:T ו-C:C, משתנה אינטרון | יחס הסיכויים עבור נושאים הטרוזיגוטיים 1.7 | |
| ABO | rs657152 | 9 | 136139265 | A | C or T | אלל סיכון, משתנה אינטרון | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| Intergenic | rs5798227 | 12 | 53120100 | C | - | אלל הסיכון הוא המחיקה | p = 2.2x10-7 | Blokland et al., 2020; |
| IGHV3-7 | rs11844522 | 14 | 106522576 | C | T | שינויים ניתנים לסובייט T:T, C:T | p=1.9x10-7 | |
| Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) | rs73166864 | 22 | 23340580 | T | C or G | שינויים נתונים T:T ו-T:C ניתנים לסובלנות | odds ratio 1.7 | Roberts., 2020; |
| TLR7 | rs200553089 | ChrX | 12906010 | G | T | גנוטיפים סיכוניים T:G ו-T:T, משתנה חמצוני חסר תועלת | Made et al., 2020; | |
| SNP נרדפים הממוקמים ב-ACE2 | ||||||||
| ACE2 | rs373153165 | chrX | 15580093 | C | T or A | הפריט המחסור | p.Asp785Asn/c.2353G>A | Cao et al., 2020 |
| ACE2 | rs140016715 | chrX | 15582154 | G | A | הפריט המחסור | p.Arg768Trp/c.2302C>T | |
| ACE2 | rs147311723 | chrX | 15582265 | G | A | הפריט המחסור | p.Leu731Phe/c.2191C>T | |
| ACE2 | rs41303171 | chrX | 15582298 | T | C | הפריט המחסור | p.Asn720Asp/c.2158A>G | |
| ACE2 | rs370187012 | chrX | 15582327 | C | T | הפריט המחסור | p.Arg710His/c.2129G>A | |
| ACE2 | rs776995986 | chrX | 15582334 | G | A | הפריט המחסור | p.Arg708Trp/c.2122C>T | |
| ACE2 | rs149039346 | chrX | 15584416 | A | G | הפריט המחסור | p.Ser692Pro/c.2074T>C | |
| ACE2 | rs200180615 | chrX | 15584488 | C | T | הפריט המחסור | p.Glu668Lys/c.2002G>A | |
| ACE2 | * |
chrX | 15585879 | A | C | stop_gained | p.Leu656*/c.1967T>G | |
| ACE2 | rs183135788 | chrX | 15585933 | T | C | הפריט המחסור | p.Asn638Ser/c.1913A>G | |
| ACE2 | rs748163894 | chrX | 15588434 | G | A | הפריט המחסור | ||
| ACE2 | rs202137736 | chrX | 15591485 | T | C | משתנה באזור הקיטור+משתנה באינטרון | c.1541+5A>G | |
| ACE2 | rs140473595 | chrX | 15591530 | C | T | הפריט המחסור | p.Ala501Thr/c.1501G>A | |
| ACE2 | rs191860450 | chrX | 15593829 | T | C | הפריט המחסור | p.Ile468Val/c.1402A>G | |
| ACE2 | rs758142853 | chrX | 15609868 | A | G | הפריט המחסור | p.Val184Ala/c.551T>C | |
| ACE2 | rs754511501 | chrX | 15609902 | C | T | הפריט המחסור | p.Gly173Ser/c.517G>A | |
| ACE2 | rs746034076 | chrX | 15609943 | T | C | הפריט המחסור | p.Asn159Ser/c.476A>G | |
| ACE2 | rs373252182 | chrX | 15609973 | T | C | הפריט המחסור | p.Asn149Ser/c.446A>G | |
| ACE2 | rs2285666 | chrX | 15610348 | C | T | משתנה באזור הקיטור+משתנה באינטרון | c.439+4G>A | |
| ACE2 | rs768736934 | chrX | 15612963 | C | T | משתנה באזור הקיטור+משתנה באינטרון | c.345+5G>A | |
| ACE2 | rs4646116 | chrX | 15618958 | T | C | הפריט המחסור | p.Lys26Arg/c.77A>G | |
| ACE2 | rs73635825 | chrX | 15618980 | A | G | הפריט המחסור | p.Ser19Pro/c.55T>C | |
| SNPs הקשורים ל-SARS | ||||||||
| CD209 | rs4804803 | 19 | 7812733 | A | G | גן סוספטיבילי A:A, טיפול על פני מספר רצף עליון | NC_000019.10:7747846 | Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010 |
